В октябре 1991 года армянские войска полностью окружили город. 30 октября было перекрыто наземное сообщение; единственным средством связи остались вертолеты. Вскоре была перерезана и эта нить: после того, как над Шушой сбили гражданский вертолет, в результате чего погибли 40 человек, эти рейсы прекратились. С января 1992 года город существовал без электричества. Ходжалы выживал благодаря отваге жителей и героизму его защитников.
В ночь с 25 на 26 февраля 1992 года вооруженные силы Армении при поддержке незаконных вооруженных банд и формирований и непосредственном участии 366-го мотострелкового пехотного полка бывшего Союза Советских Социалистических Республик захватили город Ходжалы.
После начала штурма около 2500 жителей, остававшихся в городе к той трагической ночи, попытались покинуть его в надежде выбраться из окружения. Но надежда оказалась тщетной: беженцев расстреляли с армянских постов или взяли в плен около сел Нахчыванлы и Пирджамал. Те, кто пытался уйти через горные массивы, в основном женщины и дети, умерли от обморожений. Лишь единицам удалось добраться до ближайшей подконтрольной Азербайджану территории – города Агдам.
Несомненно, Ходжалинская трагедия стала самой масштабной и кровавой резней конфликта. В результате штурма и взятия города были убиты 613 человек, включая 106 женщин, 63 ребенка и 70 стариков. 1275 жителей Ходжалы были взяты в заложники; судьба 150 остается неизвестной. Город был стерт с лица земли. В течении той трагичной ночи получили ранения 487 ходжалинцев, включая 76 детей младше года. 130 детей потеряли одного, а 26 обоих родителей; восемь семей истреблены полностью. Из числа погибших 56 человек были убиты с особой жестокостью: их сжигали заживо, снимали с них скальпы, отрезали головы, выкалывали глаза; беременным женщинам вспарывали животы.
Помимо отрицания своей ответственности за оккупацию и военное присутствие на территории Азербайджана официальный Ереван всеми силами пытается преподнести ситуацию с массовыми убийствами в Ходжалы таким образом, будто сами азербайджанцы препятствовали эвакуации гражданского населения из зоны боевых действий, хуже того ― расстреливали своих соотечественников для того, чтобы использовать факт многочисленных людских потерь в собственных политических целях.
Однако имеется более чем достаточно фактов и сведений из различных источников, включая очевидцев, правительства, межправительственные и неправительственные организации, которые свидетельствуют о том, что ответственность за преступления, совершенные в Ходжалы, лежит на Армении, ее политическом и военном руководстве, а также на подчиненных им сепаратистских вооруженных группах.
В своем постановлении от 22 апреля 2010 года Европейский суд по правам человека, в частности, отметил: «Согласно сообщениям из независимых источников, на момент захвата Ходжалы в ночь с 25 на 26 февраля 1992 года сотни гражданских лиц из числа этнических азербайджанцев при попытке покинуть захваченный город были убиты, ранены или взяты в заложники армянскими боевиками, напавшими на город».
События в Ходжалы произошли в период, когда бывший президент Республики Армения Серж Саргсян возглавлял «Комитет сил самообороны» незаконного сепаратистского режима, и, следовательно, его воспоминания являются одним из важнейших свидетельств. Следующие слова г-на Сержа Саргсяна, сказанные им в интервью британскому журналисту Томасу де Ваалу,не оставляют никаких сомнений в том, кто совершил преступление в Ходжалы: «До Ходжалы азербайджанцы думали, что все это шутки, они думали, что армяне не могут поднять руку на гражданское население. Мы смогли опровергнуть это [стереотипное] мнение. Именно так и было».
Кроме того, Паскаль Привет и Стив Ле Вин рассказывают, что «Азербайджан на прошлой неделе снова превратился в склеп: место скорбящих беженцев и множества искалеченных трупов, перетащенных во временный морг за мечетью. Это были обычные азербайджанские мужчины, женщины и дети Ходжалы».
Более того, 3 марта 1992 года газета «Нью-Йорк таймс» также сообщила, что «Сегодня появились свежие доказательства массового убийства мирных жителей армянскими боевиками в Нагорном Карабахе, преимущественно армянском анклаве Азербайджана».
Фотограф агентства Рейтер Фредерик Ленгейн сообщила, что видела два грузовика на окраине Нагорного Карабаха, заполненных трупами. «В первом я насчитала 35, а во втором, похоже, было почти столько же… У некоторых были отрублены головы, а многие были сожжены», — сказала она.
Однако самый решительный доклад поступил от Human Rights Watch, которая напоминает, что «в феврале 1992 года карабахские армянские силы при поддержке бойцов 366-го мотострелкового полка… захватили населенный азербайджанцами город Ходжалы. В результате нападения было убито более 200 мирных жителей, что стало крупнейшей на сегодняшний день резней в конфликте».