Desde octubre de 1991, Joyalí fue completamente rodeada por las fuerzas armenias. El 30 de octubre se cortó el tráfico terrestre y los helicópteros se convirtieron en el único medio de transporte. Cuando un helicóptero civil fue derribado sobre la ciudad de Shusha, matando a 40 personas, el tráfico de helicópteros también cesó. A partir de enero de 1992 la ciudad se quedó sin electricidad. Joyalí se mantuvo viva gracias al valor de su gente y al heroísmo de sus defensores.
En la noche del 25 al 26 de febrero de 1992, tras un bombardeo masivo de artillería, las fuerzas armadas y las unidades paramilitares armenias entraron para tomar la ciudad con el apoyo de la Infantería motorizada del 366º Regimiento de la antigua URSS.
Una vez dio comenzó el asalto, los habitantes que quedaban (unas 2.500 personas), trataron de huir con la esperanza de llegar a la zona más cercana bajo control de los azerbaiyanos. Pero para la mayoría esa esperanza fue en vano. Murieron por los disparos de los puestos militares armenios o fueron capturados cerca de los pueblos de Nakhchyvanly y Pirjamal. Otros, principalmente mujeres y niños, murieron por congelación mientras vagaban por las montañas. Sólo unos pocos pudieron llegar a la ciudad de Aghdam, controlada por Azerbaiyán.
Sin duda, lo ocurrido en Joyalí fue la mayor masacre del conflicto de Nagorno-Karabaj. En total, el asalto y la captura de la ciudad se cobraron la vida de 613 de sus habitantes, entre ellos 106 mujeres, 63 niños y 70 ancianos. 1.275 fueron tomados como rehenes, mientras que el paradero de 150 personas sigue siendo desconocido. La ciudad fue arrasada. En el transcurso de esa trágica noche, 487 habitantes de Joyalí resultaron heridos, entre ellos 76 niños; ocho familias fueron aniquiladas; 130 niños perdieron a uno de sus padres y 25 a ambos. De los que perecieron, 56 fueron asesinados con especial crueldad: los quemaron vivos, les arrancaron la cabellera, los decapitaron o les sacaron los ojos, y a las mujeres embarazadas les clavaron una bayoneta en el abdomen.
Aparte de negar la responsabilidad de su ocupación y presencia militar en los territorios de Azerbaiyán, oficialmente Ereván hace todo lo posible por representar la masacre de Joyalí como una acción por parte de los azerbaiyanos que supuestamente obstruyeron la evacuación de la población civil de la zona y, lo que es peor, mataron a tiros a sus compatriotas, para explotar el gran número de víctimas civiles para sus propios fines políticos internos.
Sin embargo, existen pruebas más que suficientes, informes de numerosas fuentes, incluidos testigos presenciales, gobiernos, organizaciones intergubernamentales y no gubernamentales, y medios de comunicación, que atestiguan la responsabilidad de Armenia, incluida la de sus dirigentes políticos y militares y grupos armados separatistas subordinados, en los crímenes cometidos en Joyalí.
En su sentencia del 22 de abril de 2010, el Tribunal Europeo de Derechos Humanos señaló, en particular, lo siguiente «Parece que los informes disponibles de fuentes independientes indican que en el momento de la captura de Joyalí, en la noche del 25 al 26 de febrero de 1992, los combatientes armenios que atacaban la ciudad habrían asesinado, herido, o tomado como rehenes a cientos de civiles de origen étnico azerbaiyano durante su intento de huir de la ciudad capturada».
Los sucesos de Joyalí tuvieron lugar en un período en el que Serzh Sargsyan, el ex presidente de la República de Armenia, ejercía como jefe del «Comité de Fuerzas de Autodefensa» del régimen separatista ilegal y, por tanto, sus recuerdos constituyen una de las fuentes de pruebas más importantes. Las siguientes palabras que Serzh Sargsyan pronunció durante la entrevista con el periodista británico Thomas de Waal no dejan lugar a dudas sobre la autoría del crimen de Joyalí: «Antes de Joyalí, los azerbaiyanos pensaban que estaban bromeando con nosotros, pensaban que los armenios eran personas que no podían levantarle la mano a la población civil. Fuimos capaces de romper ese [estereotipo]. Y eso es lo que ocurrió».
Asimismo, Pascal Privet y Steve Le Vine narran que «Azerbaiyán volvió a ser una morgue la semana pasada: un lugar de refugiados de luto y docenas de cadáveres desfigurados arrastrados a una morgue improvisada detrás de la mezquita. Eran hombres, mujeres y niños azerbaiyanos corrientes de Joyalí».
Es más, el 3 de marzo de 1992 el New York Times también informó que «hoy han surgido nuevas pruebas de una masacre de civiles por parte de militantes armenios en Nagorno-Karabaj, un enclave predominantemente armenio de Azerbaiyán».
Una fotógrafa de Reuters, Frederique Lengaigne, confesó haber visto dos camiones en las afueras de Nagorno-Karabaj que se llenaron de cadáveres. «En el primero conté 35, y parecía que había casi los mismos en el segundo… Algunos tenían la cabeza cortada, y muchos habían sido quemados», dijo.
Sin embargo, el informe más decisivo provino de Human Rights Watch, que recuerda que «en febrero de 1992, las fuerzas armenias de Karabaj – supuestamente respaldadas por soldados Infantería motorizada del 366º regimiento… tomaron la ciudad de Joyalí, poblada por azerbaiyanos. Más de 200 civiles murieron en el ataque, la mayor masacre hasta la fecha en el conflicto».